《医妃难囚》第三季的故事在危机四伏中拉开序幕，兰若溪为救东临太子亓凌霄，不惜以暗卫身份劫走南炎世子热布风巽，却因此被南炎新主热布哈迪视为叛贼推向刑场。幸而她凭借高超医术成为解开风巽奇毒的唯一希望，这才在刀下捡回一命。治疗期间，哈迪逐渐被若溪的坚韧个性吸引，而化名顾西风潜入南炎的亓凌霄，则为了爱人不得不暂时放下醋意，与哈迪联手唤醒风巽。
这一季的剧情走向让不少老观众感到意外，原本的主角光环似乎发生了偏移，热布哈迪和影卫陆英的故事线反而占据了大量篇幅。有人吐槽男主亓凌霄像个只会吃醋的摆设，甚至因女主多次迷晕他而觉得人设崩塌；但也有人被陆英那句“至死守护”打动，他最终选择封存公主关于自己的记忆，用生命践行了儿时的诺言。这种配角深情、主角靠边的观感，让剧集充满了争议，却也意外制造了新的看点。
尽管部分观众认为本季剧情松散、演技尴尬，甚至质疑各季之间缺乏连贯性，但不可否认的是，兄弟间的友爱互动与太医团的搞笑日常确实贡献了不少欢乐时刻。随着楼塞公主倾城的复仇阴谋浮出水面，挑拨两国关系致使大战一触即发，几位主角终于在关键时刻摒弃前嫌。他们联手粉碎了幕后黑手的计划，而热布哈迪更是选择牺牲自己，成全了若溪与亓凌霄的感情。整部剧在笑泪交织中落幕，虽留有遗憾，却也让人对这段错综复杂的乱世情缘印象深刻。
