皮皮鲁意外抢走关键的缩小芯片，随即带着舒克和贝塔返回家中。为了躲避捕鼠队的疯狂追捕，三人被迫从皮皮鲁家一路逃亡至混乱的交易市场。然而危机并未解除，捕鼠队紧追不舍，将战火蔓延到了这个新的据点。
面对强敌环伺的困境，好友加西与琪琪迅速布置起严密的防御工事。他们联手对抗白客公司派出的机械狗群与无人机阵列，甚至连贪婪的老鼠科学家也卷入其中，企图抢夺芯片。在千钧一发之际，皮皮鲁果断使用芯片将加西、方猎猎等人缩小，众人共同商讨对策以应对白客公司的威胁。
与此同时，白客公司开始转移其核心实验室，舒克、贝塔与琪琪驾驶着飞机、坦克及摩托车展开激烈追击。经过一番惊心动魄的空陆大战，他们成功夺回了实验室，可惜至关重要的恢复芯片仍落入敌方手中。为此，皮皮鲁对装备进行了全面改造升级，协助大家潜入敌营执行秘密任务。
舒克与贝塔终于寻获恢复芯片的下落，却不幸被捕鼠队长擒获，身陷囹圄。在阴暗的监狱里，他们竟重逢了昔日宿敌白路，原来他因特殊的放电功能被抓来充当实验品。这群曾经的对手与伙伴如今同处绝境，未知的命运正等待着他们共同面对。
