过去大战时期，日本帝国陆军为将咒术投入军事用途而设立阴阳寮，并委任传说中阴阳师安倍晴明的后裔、土御门家当家夜光担任统领。这位天才阴阳师成功推动了日本咒术界的改革，被后世尊为现代咒术之父。然而战争末期，败局已定的军方强令夜光举行大规模咒术仪式以扭转乾坤，结果仪式惨烈失败。夜光不仅因此身亡，更剧烈扰乱了首都东京的灵气，致使百鬼夜行、妖魅纵横，彻底改变了这座城市的命运。
战后，原本的阴阳寮改组为阴阳厅，专门负责处理日本各地频发的灵力灾害，尤其是东京地区的异常状况，让阴阳师重新活跃于现代舞台。在这样的时代背景下，出身名门土御门家的少年春虎却是个异类。他虽流着阴阳师的血脉，却毫无施展咒术的才能，只能像个普通人一样度过日常，刻意远离家族赋予的使命与纷争。
命运的转折发生在一个夏天，春虎重逢了童年玩伴夏目，她正是土御门家指定的下任当家。两人曾许下承诺，却因身份差异而分道扬镳，如今的再次相遇打破了长久的平静。随着他们的交集加深，尘封的土御门历史开始重新转动，潜伏在东京暗处的危机也悄然逼近。这段关于宿命与羁绊的故事，就在古老咒术与现代都市交织的背景下正式拉开帷幕。
