这部特别篇对原作剧情进行了多处关键调整，故事背景设定在死神界，新增了关于留克讲述月亮的场景。随着部分情节的删改，伊出这一角色不再登场，夜神总一郎心脏病发作的桥段也被移除，其第二次基拉事件时的所在位置由医院病房改为街头。月与 L 的初次会面地点变更为放映室，而 L 在此过程中推导出了基拉针对第二基拉的回应逻辑。
搜查本部内部的细节也有所变动，松田误入松柏集团会议室时进行弥撒的场所，从原本的工作间转移到了搜查本部的房间。在雷姆消失的关键情节中，关于留下笔记以及月亮拾取笔记本的描写均被省略，第三本笔记本的相关线索彻底切断，使故事直接衔接至《光环 2》的情节。此外，在日本搜查本部成员于 L 墓前宣誓的场景中，增添了更为庄重的仪式感。
剧中部分干部的死亡方式经历了显著修改，不再统一表现为心脏麻痹，而是各自遭遇了不同的意外结局。三堂从建筑物高处坠落身亡，纸村则伫立在车站铁轨上被疾驰的电车轧死，奈南川的死因被设定为交通事故。这些改动使得整部作品的悬疑氛围更加多样化，通过差异化的死亡呈现强化了剧情的不可预测性。
