幽冥女王之兄阿達武士加入侵略隊伍，以壓倒性實力擊敗金剛戰士，摧毀了大連王與戰鬥白虎，指揮中心也在戰火中化為廢墟，導致戰士們失去超異能。危急關頭，宙威利用中心殘餘能量將眾人送往忍者神廟，尋求能製造超異能硬幣的忍者戰士協助。儘管途中遭遇阿達派遣的食人鳥追擊，戰士們仍成功抵達並獲得新力量，不僅擁有忍者裝扮的變身型態，更駕馭了全新的忍者機械獸。
隨後，巴布猴等反派尋獲失落已久的無敵戰將，玄冥大帝奪走小晴的硬幣與大明的戰鬥鷹，企圖脅迫戰士駕駛機體征服地球。大明冒險潛入暗月宮，在千鈞一髮之際奪回關鍵物品，比利則在操縱過程中成功搶回控制權，粉碎了敵人的陰謀。這次勝利讓金剛戰士陣營增加了五架強大的生力軍，進一步鞏固了守護地球的能力。
團隊陣容隨後發生變動，小晴為追求體操夢想選擇離隊訓練，而曾受幽冥女王詛咒的凱特在破除魔咒後，正式接替成為新的粉紅戰士。然而平靜未久，終極魔王發動魔法將時間倒轉，使所有戰士退回童年時期並再次喪失超異能，地球面臨前所未有的危機。為抵禦侵略，宙威從水柔星請來外星戰士支援，變回兒童的原隊員則踏上尋找奇奧水晶碎片的旅程，試圖集齊碎片恢復世界原狀。
在尋找水晶的過程中，伊莎於非洲意外與遠親相逢，決定留在當地生活，由其表姊唐娜帶著水晶返回美國匯合。當眾人努力湊齊水晶準備發動魔力時，故事在此留下懸念，展現了戰士們在逆境中不屈不撓的鬥志與對和平的堅定守護。
