时光流转，达也与深雪兄妹即将迎来在魔法科高中的第二个春天。结束了紧张的第一学年后，两人趁着春假前往小笠原群岛的一处别墅度假。在这片远离都市喧嚣的海岛上，他们本想享受片刻的宁静，让平日里紧绷的神经得以放松。然而，这份难得的悠闲并未持续太久，平静的海面下似乎正酝酿着新的波澜。
就在达也等人沉浸于休假氛围时，一位神秘的少女突然出现在他们面前。这名自称“九亚”的女孩是从附近的海军基地逃脱出来的，她的出现打破了岛上的安宁。面对这位不速之客，达也并没有选择无视或驱逐，而是聆听了她内心深处唯一的恳求。少女的眼神中透着急切与无助，她的请求似乎牵涉到某种不为人知的秘密。
随着九亚的介入，原本轻松的假期瞬间蒙上了一层未知的阴影。达也与深雪不得不暂时放下休憩的计划，重新审视眼前的局势。这位从军事设施中出逃的少女究竟背负着怎样的过去，她又为何唯独向达也寻求帮助？在这个春暖花开的季节里，一场关乎命运的新冒险悄然拉开序幕，等待着兄妹二人去揭开真相。
