鸨羽舞衣与弟弟巧海在前往“风华学园”的邮轮上，开启了新的生活篇章。父母双亡的姐弟俩依靠意外获得的奖学金，满怀希望地转入这所高等学府。然而平静的航程被一场突如其来的海上救援打破，舞衣发现并救起了一位手持大剑的神秘少女美袋命。
就在命刚被救上船时，长发女子玖我夏树突然出现，并毫不留情地对命展开追杀。夏树召唤出巨大的机械兽投入战斗，将原本安宁的邮轮瞬间化为激烈的战场。目睹这一切的舞衣震惊不已，却在危急关头觉醒了自身潜藏的"HiME 力量”，被迫卷入这场超能力者的纷争。
这场海上的遭遇战仅仅是个序幕，等待着舞衣姐弟的风华学园隐藏着更多关于 HiME 力量的秘密。随着更多拥有特殊能力的少女陆续登场，命运的齿轮开始加速转动，将众人束缚在复杂的宿命之中。舞衣必须在保护弟弟的同时，逐渐揭开这所学校背后不为人知的真相，面对随之而来的挑战与抉择。
