少年和哉在异次元体 NOVA 的袭击中失去了挚爱的姐姐青井和叶，那位曾是传奇潘多拉的战士。为了继承姐姐的遗志，他毅然进入了专门培育潘多拉及其制御者的学府“杰尼提克斯”。在这里，命运让他邂逅了被称为“禁止接触女王”的少女莎缇莱萨·艾尔·布丽姬，并成为了她的专属制御者。这段特殊的羁绊，彻底改写了他原本平凡的生活轨迹。
莎缇莱萨因强大的力量与孤僻的性格而令人畏惧，但和哉却在她身上看到了姐姐青井和叶的影子。尽管起初屡遭冷漠拒绝，和哉仍坚定地选择与她并肩奔赴对抗 NOVA 的残酷战场。在一次次生死考验中，两人之间的隔阂逐渐消融，心灵的距离也在战火中慢慢缩短。这份超越主从关系的情感，成为了他们在绝望战斗中彼此支撑的力量。
随着剧情推进，杰尼提克斯的上层机关“修吧里诶”下达了新指令，将和哉派遣至遥远的阿拉斯加基地。那里正在秘密进行一项名为"E 潘多拉计划”的新对策，试图通过人工手段创造出全新的潘多拉战士。这项充满未知与伦理争议的计划，不仅关乎人类对抗 NOVA 的未来，也将把和哉与莎缇莱萨卷入更深的漩涡之中。面对前所未有的挑战，他们必须在新环境中寻找生存与胜利的希望。
