科学家布鲁斯·班纳在高华大学的变异经历如噩梦般挥之不去，军方的通缉令更让他时刻处于紧绷状态。他躲藏在巴西，一边努力控制体内伽马辐射引发的异常，一边远程联络纽约的蓝先生寻求治愈之法。在一家汽水工厂打工期间，他不慎割伤手指，滴入瓶中的血液随产品远销美国，意外暴露了行踪。
美国军方迅速锁定目标并展开穷追不舍的抓捕行动，同时招募了求胜心切的英国军人埃米尔·布朗斯基协助围剿。被逼入绝境的布鲁斯被迫变身为绿巨人，其展现出的恐怖力量令埃米尔与在场军人大为震惊。为了获得足以擒获布鲁斯的力量，埃米尔不惜建议给自己注入基因变异样本，逐渐走向疯狂。
隐匿期间的布鲁斯重逢了旧女友贝蒂·罗斯，她义无反顾地站在他身旁，并发现自己拥有安抚绿巨人狂暴内心的特殊力量。然而，被胜负欲蒙蔽双眼的埃米尔不断寻衅滋事，加之军方企图利用异能实施暴行的野心，使得冲突一触即发。一场关乎人性与毁灭的终极大战已避无可避，等待着所有卷入其中的人。
