1999 年馆山一战，特生自卫队付出了惨痛代价，队员家城茜因失误导致战友牺牲，自己也从此背负阴影转入资料科。与此同时，日本政府利用挖掘出的初代哥斯拉骸骨，耗时四年打造出终极兵器"3 式机龙”。当新首相五十岚隼人上任，茜也被重新召回驾驶这台寄托人类希望的机械巨兽，准备迎接即将到来的宿命对决。
然而测试尚未完成，哥斯拉再度登陆东京湾，机龙出击后却因体内残留的野兽灵魂被同类吼声唤醒而当场暴走。这场失控不仅摧毁了城市，更抛出一个尖锐命题：用死者遗骸制造的武器，是否注定无法被人类完全掌控？直到科学家修改 DNA 计算机结构，并让茜学会尊重机龙的“意志”，人机才真正达成共鸣，最终联手击退强敌。
观众对这部千禧年系列佳作评价两极又微妙统一，有人吐槽剧情像山寨版《EVA》，从骸骨设定到暴走桥段都似曾相识；也有人盛赞其文戏扎实，那句“可恶的人类”堪称点睛之笔。在炫目特效包裹下，哥斯拉那双炯炯有神的大眼睛竟透出几分萌感，而人类一边制造灾难一边试图消灭怪物的矛盾行为，成了最讽刺的注脚。
这不仅仅是一场怪兽互殴的视觉盛宴，更像是一面镜子，照出人类傲慢与悔恨交织的复杂面目。或许我们该问的不是如何击败哥斯拉，而是当初为何要唤醒它。
