暑假的最后一天，阿良良木历与忍野忍为了挽救未完成的作业，借助北白蛇神社的怪异之力试图穿越回一天前。然而仪式发生意外，两人并未回到昨天，而是阴差阳错地抵达了十一年前的母亲节前夕。在这个陌生的时间节点，历成功阻止了八九寺真宵原本的死亡命运，并将迷路的她平安送回了母亲身边。
当历与小忍满怀期待地返回原本的时间点时，却发现世界已面目全非，全人类竟都变成了暴走的僵尸。原来他们所处的过去与回归的现在，皆是平行于原世界的异时空。在这个世界里，因为真宵幸存，小忍未能从“叡考塾”废墟出走并与历相遇，导致历最终被黑羽川杀害。失去搭档的小忍恢复了昔日吸血鬼姬丝秀忒·雅赛劳拉莉昂·刃下心的全部力量。
复活的姬丝秀忒企图将全人类转化为眷属以毁灭世界，却因能力限制只制造出了大量失控的僵尸，短短五日便让文明濒临崩溃。影缝余弦与贝木泥舟曾联手讨伐这位灭世者，却不幸全军覆没。面对满目疮痍的人间，绝望的姬丝秀忒试图投身太阳自尽，却因不死之身而失败。
在目睹异世界中自己与历亲密无间的景象后，姬丝秀忒喜极而泣，决定牺牲自我成全他人。她让小忍吸取自己的血液，从而获取穿越时空所需的庞大灵力。借助这份最后的力量，小忍带着历踏上了重返原本正确世界的旅程，试图挽回那场未曾发生的悲剧。
