故事背景设定在德川幕府第二十五代将军德川庆康统治下的日本，此时天下虽看似太平，实则暗流涌动。为了对抗仍试图顽固抵抗的丰臣一派，德川家特意设立了武应学园并组建学生会，将其作为维持秩序与培养战力的核心据点。在这所特殊的学府中，身为高材生的柳生宗朗每日都在道场中勤加修炼，磨练自己的剑术与意志。
某日，宗朗平静的日常被一位从天而降的美少女彻底打破，她自称柳生十兵卫，并莫名其妙地成为了宗朗的“妹妹”。两人随即开始了充满欢笑与意外的同居生活，而十兵卫的出现仿佛是一个信号，拉开了众多杰出女性角色登场的序幕。外表年幼却足智多谋的真田幸村、英姿飒爽且性格大大咧咧的后藤又兵卫相继来到宗朗身边，为他的生活增添了无数变数。
紧接着，优雅的千金大小姐德川千姬以及严厉的风纪委员服部半蔵等女孩也接二连三地出现在柳生周围。这些性格迥异却同样身怀绝技的少女们，因各自的使命与缘分汇聚在宗朗身旁，共同面对时代的挑战。她们之间既有轻松愉快的日常互动，也蕴含着并肩作战的深厚羁绊，构成了一幅绚烂多彩的武士画卷。
在这片动荡与机遇并存的土地上，柳生宗朗与这些被称为“剑姬”的少女们命运紧密相连。她们不仅要应对学园内外的各种纷争，更要在这个架空的战国时代中寻找属于自己的生存之道与信念。随着故事的推进，众人将在欢笑与泪水中共同成长，书写一段属于百花缭乱的传奇史诗。
