西元 2199 年，太阳系外强大的加米拉斯帝国为挽救母星危亡，将侵略矛头指向地球。地球军在交战中惨败，更遭受对方发射的大量含放射能游星炸弹袭击，抵抗力量日益衰弱，人类文明濒临灭绝边缘。在欧亚美大陆相继失联的绝望局势下，地球防卫军几乎失去了所有外援与希望。
就在这生死存亡之际，与加米拉斯互为双子星的伊斯坎达尔星球伸出援手。他们向地球发送了先进的波动引擎与波动炮设计图纸，并告知拥有能清除放射能的秘密设备“宇宙清洗器 D"。这一消息成为地球最后的救命稻草，促使人类必须跨越星际去获取这份救赎的希望。
利用伊斯坎达尔提供的尖端技术，地球防卫军将沉睡于海底的古老战舰大和号紧急改造为宇宙战舰。由古代进等精英组成的乘员团队就此集结，肩负着全人类的命运，毅然踏上前往大麦哲伦星云的漫漫征程。这不仅是一次取回清洗器的军事行动，更是一场在浩瀚宇宙中对抗强敌、争夺生存权利的壮烈远征。
