在高度发达的互联网都市「DEN CITY」中，巨型企业「SOL 技术社」构建了名为「LINK VRAINS」的虚拟现实空间。人们沉浸于此，热衷于体验前所未有的决斗乐趣。然而，平静的表象下暗流涌动，一个神秘的黑客集团「海诺因骑士团」悄然现身。他们利用决斗作为掩护进行黑客活动，企图彻底毁灭存在于网络深处的"AI 世界=电子界”。
面对这场危机，一位自称「Playmaker」的决斗者挺身而出。他以压倒性的实力击溃了「海诺因骑士团」，成功夺回了双方都觊觎的神秘 AI 程序，一度将世界从毁灭边缘拉回。这场传奇之战让他瞬间名震网络，成为众人传颂的英雄，但随后他却突然销声匿迹，只留下无数传说供人揣测。
时光流转，「Playmaker」的真实身份其实是高中生藤木游作。为了追查过去某起事件的真相，他决定再次潜入「VRAINS」，对卷土重来的「海诺因骑士团」展开追击。随着他的行动，命运的齿轮开始重新转动，各方势力的博弈也愈发激烈。
神秘 AI 的真实面目究竟为何？「海诺因骑士团」执着于破坏「Link Vrains」的背后隐藏着什么目的？而深埋在游作过往经历中的真相又是什么？所有的谜底，都将在「Link Vrains」的世界中逐一揭晓。
