诚教学园初中部因历史悠久，校园内流传着许多不可思议的怪异传说。某日，少年新谷真一在犹如迷宫般的旧校舍中迷失方向，夕阳余晖下，一位身着古老校服的黑发少女悄然出现在他眼前。少女眼神空洞却满是哀怨，穿着真一从未见过的制服，让他瞬间意识到自己可能遇见了幽灵。
这位幽灵少女名为庚夕子，她在十五岁那年不幸离世，却因失去记忆而无法回想起死亡的真相。为此苦恼的夕子终日徘徊在校园之中，不知不觉中成为了诸多灵异事件的始作俑者。她渴望找回过去的片段，却独自一人在漫长的岁月中无助地游荡。
作为唯一能够看见并触碰夕子存在的人，真一毅然承担起了帮助她寻找记忆的重任。为了揭开笼罩在夕子身上的谜团，两人共同成立了名为“灵异调查部”的社团。在这段充满悬疑与温情的旅程中，少年与幽灵少女携手探索校园的各个角落，试图拼凑出那段被遗忘的往事。
