2043 年，犯罪大王将军落网，即将由铁面无私的法官余铁雄主审。为逃避制裁，将军派遣手下健穿越时空回到五十年前，企图在审判前将余铁雄洗脑。政府获悉阴谋后，紧急派出飞龙特警铁面、扫帚头及发达星重返 1993 年，誓要保护关键人物余铁雄免受篡改。
三位特警潜入一所中学展开行动，扫帚头化身教师，铁面伪装成学生，发达星则担任跟班。他们发现目标人物大雄是个长期留班的受气包，常遭同学余忌安欺凌，唯有女友采妮对他真心相待。特警们一边帮大雄反击霸凌建立信任，一边试图套取余铁雄的下落，却惊闻大雄声称校内并无此人。
与此同时，反派健也乔装成老师混入校园伺机动手，而大雄的母亲正计划改嫁理查德余，家庭变故让局势更加扑朔迷离。面对内外夹击的危机，飞龙特警必须在时间耗尽前识破敌人诡计，找到真正的余铁雄并阻止洗脑计划。这场跨越时空的正邪较量，最终能否守护未来的正义审判，全看他们如何在混乱的校园中扭转乾坤。
