华山慕容府那一夜的血光，让上千条性命瞬间化为冤魂。侥幸逃生的三小姐慕容嫣羽，还没来得及擦干脸上的血污，就陷入了江湖各派的猜忌漩涡。段如风出关后得知昔日救命恩人遭遇巨变，直觉告诉他，这桩针对第一大门派的屠杀背后，藏着深不见底的阴谋。
武林大会上，千夫所指的压力硬生生将慕容嫣羽逼入了绝境，心魔骤起，烈焰焚身，她转眼便成了嗜杀的魔女。段如风受托将她送往天龙寺，这一路却让他看清了自己与他人的差距，苦练的魔功在旁人眼中竟如此不堪一击。好在同为“由魔入道”的了尘大师看透了他的本质，点破“心若向善，魔亦是佛”的真谛，让他在迷茫中寻得一丝光亮。
笼罩九州的巨大黑幕已然拉开，段如风成了这乱世中唯一的变数，尽管他自己对此还一无所知。数月之后，两人走出天龙寺，身后的寺庙钟声渐远，前方的江湖路却更加凶险难测。可惜到了这部《风云九州 3》，剧情张力似乎有些泄气，不少老观众看完只留下一句“一部不如一部”的叹息，仿佛那股曾经让人热血沸腾的劲头，终究是没能完全续上。
