在遥远未知的类地行星上，藏着一个叫凯旋路第四居民研究管理司的奇特地方。这里表面是普通小区，实则住着百年行尸、有道法的道士等各式异类，仿佛地球文明的荒诞镜像。摄影怪受命前来拍摄内部参考片，由工作人员小史接待，却一头撞进了一场道士与“上访”行尸的诡异争执。
拍摄期间，小史偶遇一名严重失血、衣冠不整的失忆少女小忆。她明明是人类躯体，周身却缠绕着浓烈妖气，这种矛盾让人捉摸不透。小忆暂居研究所帮忙打杂，小史则承诺帮她找回破碎的记忆，两人在这光怪陆离的小区里建立起微妙的羁绊。
与此同时，一位许先生开办免费养生班，兜售一种能让异类重返青春的神秘饮料。这看似善举很快引发警觉，毕竟让行尸变健壮、让妖怪回春的事，怎么看都透着不对劲。随着调查深入，平静的小区下似乎正涌动着某种即将爆发的危机。
不过观众对这部作品的反馈可谓两极分化，有人吐槽其低成本带来的强烈违和感，甚至怀疑幕后动机；也有人意外钟爱这种伪纪录片式的粗糙风格。或许正是这种生猛与荒诞交织的气质，才构成了《妖怪研究所之末代妖精》独特的观影体验。
