故事紧接《倾物语》，阿良良木历在与忍野忍结束时间跳跃回到现代后，将八九寺真宵遗落的背包归还。归途中，两人突然遭到不明物质“暗”的猛烈袭击，危急关头幸得斧乃木余切出手相救。随后在“叡考塾”的废墟中，小忍向历追溯了四百年前自己在日本与首任眷属相遇并遭遇“暗”追杀的往事。
历与小忍再度遭受“暗”的侵袭而失散，最终在神秘的卧烟伊豆湖指引下揭开了真相。“暗”实为追杀偏离怪异之道者的非存在，其真正目标并非小忍，而是本应成佛的八九寺真宵。原来真宵在母亲节得到历的帮助找回了家，虽已解脱却因留恋小镇迟迟未去往彼世。
这种滞留导致原本让人迷路的“迷牛”不再制造迷雾，真宵的行为彻底偏离了怪异应有的生存法则。为了消除这一异常，“暗”现身企图吞噬真宵以及所有目击过她的人类，危机一触即发。面对即将波及众人的灾祸，真宵选择牺牲自己，含着微笑坦然接受成佛的命运，以此保全了大家的安全。
