海上自卫队二尉有动贵文在调查太平洋坠落的未知飞行物时，遭遇神秘蓝光侵袭，导致基因突变成为凶恶怪兽 THE ONE。他虽从防卫厅特殊机关 BCST 的严密监控中逃脱并销声匿迹，但这场危机并未真正结束。三个月后，航空自卫队飞行员真木舜一为陪伴患先天疾病的儿子继梦决定辞职，却在最后一次任务中与“红色发光体”空中相遇并奇迹生还。
转职为民航飞行员后的真木仍被 BCST 重点关注，化学担当官水原沙罗将其强制带至废弃工厂的研究室进行身体监视。此时，失踪的 THE ONE 受某种力量吸引重返人间，将濒死的真木逼入绝境。在红色光球的加持下，真木变身为拥有银色钢铁身躯的十米巨人"THE NEXT"，凭借残存的自我意识与怪兽展开殊死搏斗，却因变身不完全能量耗尽而败退。
当得知儿子病危入院，真木赶去医院与妻子蓉子重逢，然而人类最大的危机随之爆发。吸收多种生物变异进化的 THE ONE 现身新宿街头，喷射超绝火炎光弹将城市化为火海，有动贵文的人性已彻底泯灭。为了守护挚爱的家人以及与儿子的约定，曾与水原沙罗有过婚约的真木再次挺身而出。
这一次，他进化为四十米的完全形态，双臂浮现如流血般的红色纹路，手肘更生出锋利的刃状武器。在新宿副都心的废墟之上，承载着人类希望的 ULTRAMAN 与毁灭化身 THE ONE 展开了最终决战，熊熊战火点燃了守护未来的信念。
