满清入主中原后，朝廷深恐汉族民众凭借武术聚众造反，遂颁布严令禁止民间私自习武。少林派本在禁列之中，但鉴于寺中僧众武艺超群、势力庞大，清廷不敢贸然强攻，转而采取怀柔策略。官府命令少林寺选派弟子前往军营，负责教授八旗官兵武艺，试图以此消解少林的潜在威胁。
然而，朝中一位将军（王龙威饰）却认为少林终究是心腹大患，绝不能掉以轻心。他不满于寺院仅派遣俗家弟子外出授艺，而将真正的武僧隐匿寺中保存实力。为了彻底铲除这一隐患，该将军精心策划了一场毒计，意图挑起南北少林两家之间的仇恨。
这位将军利用信息隔绝与伪造证据，不断在南北两派之间制造误会与摩擦。原本同根同源的少林弟子，在不明真相的情况下被推向对立面，被迫展开生死搏杀。南北双方高手尽出，在一次次惨烈的交锋中自相残杀，正中清廷下怀。
随着冲突不断升级，两派精英死伤惨重，整个武林因这场阴谋而陷入血雨腥风。直到局势不可收拾之际，幸存的武者才逐渐察觉幕后黑手的真正用意。面对清廷的阴险算计，南北少林能否放下成见、联手抗敌，成为决定门派存亡的关键。
