满清入主中原后,朝廷深恐汉族民众凭借武术聚众造反,遂颁布严令禁止民间私自习武。少林派本在禁列之中,但鉴于寺中僧众武艺超群、势力庞大,清廷不敢贸然强攻,转而采取怀柔策略。官府命令少林寺选派弟子前往军营,负责教授八旗官兵武艺,试图以此消解少林的潜在威胁。
然而,朝中一位将军(王龙威饰)却认为少林终究是心腹大患,绝不能掉以轻心。他不满于寺院仅派遣俗家弟子外出授艺,而将真正的武僧隐匿寺中保存实力。为了彻底铲除这一隐患,该将军精心策划了一场毒计,意图挑起南北少林两家之间的仇恨。
这位将军利用信息隔绝与伪造证据,不断在南北两派之间制造误会与摩擦。原本同根同源的少林弟子,在不明真相的情况下被推向对立面,被迫展开生死搏杀。南北双方高手尽出,在一次次惨烈的交锋中自相残杀,正中清廷下怀。
随着冲突不断升级,两派精英死伤惨重,整个武林因这场阴谋而陷入血雨腥风。直到局势不可收拾之际,幸存的武者才逐渐察觉幕后黑手的真正用意。面对清廷的阴险算计,南北少林能否放下成见、联手抗敌,成为决定门派存亡的关键。