繁华的纽约大都会暗流涌动，邪恶领袖施莱德统领的大脚帮在城市中肆意妄为，令市民人心惶惶。与此同时，安保公司老板埃里克·萨克斯高调推出最新安保系统，誓言要终结混乱、维护城市和平。在这看似正邪对立的表象下，一场关乎城市命运的阴谋正在悄然酝酿。
第 6 频道女记者爱普尔·奥尼尔在追查新闻时，偶然捕捉到大脚帮被四名神秘侠客击退的画面。当她再次遭遇危机时，震惊地发现这四位救星竟是变异后的巴西龟，分别名为拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗和多纳泰罗。这些奇特的名字唤醒了爱普尔尘封的童年记忆，让她想起父亲曾与萨克斯共同进行过生物变异实验。
爱普尔将发现告知萨克斯，本以为能找到盟友，却在随后与神龟及其老师斯普林特的会面中得知了惊人真相。原来萨克斯并非正义使者，他与施莱德勾结，才是制造这一切罪恶的幕后黑手。曾经信任的合作伙伴关系，瞬间变成了对抗邪恶势力的关键线索。
本片改编自同名经典漫画，将熟悉的英雄故事置于现代都市背景之下重新演绎。面对强大的敌人和复杂的局势，忍者神龟必须与爱普尔联手，揭开变种时代的黑暗秘密。一场守护纽约的激战即将爆发，正义与邪恶的较量在所难免。
