明朝崇祯十五年，帝国陷入内忧外患的绝境。大将孙传庭临危受命，携妻子冯氏奔赴潼关，试图阻挡李自成大军的攻势。与此同时，游医吴又可怀揣济世救人的理想来到此地，拜访身为药局提领的恩师赵川。战火未熄，一场诡异的瘟疫却在军中悄然蔓延，让本就艰难的局势雪上加霜。
面对崇祯皇帝频频催促出兵的严令，孙传庭承受着巨大的政治压力。潼关当地的豪绅顾清远等人不仅不施援手，反而借机自私敛财，加剧了前线的危机。老医者赵川因无法遏制疫情扩散，最终悲愤交加，以身殉职。在生死存亡的关头，吴又可挺身而出，以独树一帜的疗法挑战传统医理，试图从死神手中抢回将士的性命。
吴又可的非常之举逐渐赢得了孙传庭的信任，两人在乱世中结下了惺惺相惜的情谊。经过艰苦努力，肆虐军营的瘟疫终于得到控制，为守城保留了一线生机。然而，身体之疾虽可医治，国家沉疴却非药石能愈。面对摇摇欲坠的大明江山，这位名医与那位将军都无法预料，这场战争是否真能治愈时代的病症。
