太一他们升入初中后，数码世界的大门并未关闭，反而因内部纷争再次向人类求援。新一代被选召的孩子本宫大辅、井之上京和火田伊织挺身而出，在阿武与小光的带领下，携手亚古兽等老搭档与新数码宝贝，共同抵御邪恶势力的侵袭。
这部续作在进化体系上做了大胆调整，用依赖外力的装甲进化和合体进化，弥补了原有路径受阻的困境，甚至规范了究极进化的逻辑，让战斗设定更加严密。然而，音乐氛围与剧情张力似乎未能延续前作的辉煌，尤其是最终决战显得仓促无力，两场大战难以撑起宏大的世界观，让观众难免感到意犹未尽。
编剧将大量笔墨倾注于对人性的深度挖掘，从暴龙改造者的挣扎到黑暗种子的隐喻，试图展现比单纯正邪对抗更复杂的内心图景。可惜这种聚焦导致除贤以外的主角团形象单薄，个性模糊，远不如第一部那样鲜活立体，连新登场的古神兽也因造型争议饱受诟病，削弱了整体的代入感。
尽管如此，角色刻画的复杂性仍值得肯定，它在尝试突破儿童动画的框架，探索更深刻的主题。只是当人性探讨挤压了群像塑造的空间，故事的平衡感便随之倾斜，让这部承载厚望的续作在口碑上毁誉参半，成为数码宝贝系列中极具争议的一章。
