电影《牡丹仙子之皇帝诏曰》将镜头对准了传说中“天下第一牡丹”的传奇往事。故事始于凛冽冬日，武则天突发奇想下旨令百花逆时绽放。看护牡丹的花女瑞玉坚守自然规律，执意守护花期，拒绝让牡丹违令开放。这一刚正不举的举动触怒龙颜，导致她被贬谪流放至遥远的洛阳。
在漫长的流放途中，瑞玉意外获得了武承嗣谋反的关键证据，瞬间陷入生死危机。武三为了夺取证据并灭口，一路对瑞玉展开疯狂追杀，令其处境岌岌可危。与此同时，狄仁杰敏锐察觉到了证据的去向，暗中派出侍卫唐大成随行保护。多方势力在荒郊野外交错，一场围绕朝廷秘辛的暗战悄然拉开帷幕。
当一行人途径古县时，恰逢瘟疫肆虐，当地百姓民不聊生，景象凄惨。瑞玉不忍见死不救，极力劝说押送官兵暂缓行程，留下来为受灾民众治病救人。这颗慈悲之心不仅温暖了贫瘠的土地，也让原本紧张的局势变得更加复杂微妙。各方人马汇聚于此，使得这座看似平静的小县城即将掀起一场血雨腥风。
影片通过瑞玉的视角，展现了个人信念与皇权威严之间的激烈碰撞。在权谋斗争与民生疾苦的双重夹击下，小人物的命运显得尤为跌宕起伏。瑞玉能否在重重杀机中保全证据并守护百姓，成为了故事最大的悬念。这段关于忠诚、勇气与大爱的旅程，最终在洛阳牡丹盛开的传说中留下了浓墨重彩的一笔。
