一艘诡异的“鬼船”悄然入港，引发长安城内外人心惶惶。上司为求明哲保身，企图将此事定性为普通的“水匪之乱”草草结案，但狄仁杰敏锐地察觉其中暗藏蹊跷。正值大典在即，皇后严令大理寺座沈铭三日内必须查明真相，沈铭无奈之下，只得将这份沉重的破案压力全数转嫁至狄仁杰身上。
督水监长官冷霁月随后加入调查行列，众人在案发鬼船上意外重逢旧识段言，三人就此结成探案同盟。为获取关键线索，他们深入长安地下情报中心“下城”，在错综复杂的信息网中抽丝剥茧。一路追查之下，团队接连突破长安地下两大势力的重重阻挠，最终锁定了秘密藏匿之所——神秘的云窟。
狄仁杰等人踏入古陵云窟，面对层层叠叠的机关陷阱，一度陷入绝境之中。危急关头，狄仁杰凭借对土层的精准辨识找到生路，成功突破阳墓，揭开了怀王与大月遗族饲养龙鳌的阴墓真相。随着核心秘密被揭开，原本扑朔迷离的案情终于浮出水面，各股黑暗势力也伺机而动。
大典临近，危机一触即发，然而狄仁杰早已明察秋毫，在暗中布下了天罗地网。这场围绕鬼船与龙鳌的阴谋，终将在智慧与勇气的较量中迎来终结。
