方世玉携母亲苗翠花及妻子雷婷婷，随红花会总舵主陈家洛抵达总舵。虽然帮会表面事业蒸蒸日上，内部却暗流涌动，堂主于镇海因不满父亲将位置传给陈家洛，屡次策划行刺未果。方世玉当众斥责于镇海的阴谋，致使两人结下深厚仇怨，为日后的叛乱埋下伏笔。
陈家洛命方世玉等人劫取扶桑武士护送的锦盒，虽有苗翠花出手相助，任务仍以失败告终。在此期间，方世玉重逢了两广总督之女安儿，他曾对其芳心暗属，此次相遇再续前缘。为再次夺取锦盒，方世玉受命接近安儿打探消息，却不幸落入两广总督的圈套，危急关头幸得安儿相救才逃过一劫。
因任务失败，陈家洛假意废去方世玉武功以掩人耳目，但锦盒内的秘密终被于镇海窥破。叛徒趁机发动政变，杀害元老李国邦并囚禁陈家洛，于镇海顺势篡位坐上了总舵主之宝座。这场突如其来的变故让红花会陷入前所未有的危机，昔日同门瞬间变为生死仇敌。
伤愈归来的方世玉得知帮会巨变，决心不惜一切代价铲除叛徒，挽救红花会于水火之中。面对曾经并肩作战如今却倒戈相向的于镇海，方世玉必须重拾斗志，与母亲和伙伴们联手反击。在这场关乎正义与忠诚的终极对决中，功夫皇帝将再次展现万夫莫敌的气概，誓要夺回属于红花会的公道。
